Shinkansen Henkei Robo Shinkalion: Mirai kara Kita Shinsoku no ALFA-X

Japonia zmaga się z falą ataków potworów po pojawieniu się tajemniczego Czarnego Shinkansena. Instytut Ewolucji Ultrashinkansena (SUEI) stawia czoła zagrożeniu, wykorzystując Shinkaliony – pociągi kuloodporne, które transformują się w gigantyczne mechy. Hayato Hayasugi, młody pasjonat pociągów, odkrywa sekretną pracę swojego ojca dla SUEI i niespodziewanie zostaje kierowcą Shinkaliona! Jako potencjalna nadzieja Japonii, Hayato i inni młodzi piloci podejmują się ogromnej odpowiedzialności walki z pozaziemskimi wrogami.

Kiedy na Ziemię przybywa nowy, potężny przeciwnik z kosmosu, SUEI opracowuje prototyp Shinkaliona, ALFA-X. Jednak ojciec Hayato, Hokuto, znika. Wkrótce okazuje się, że 9-letnia wersja Hokuto przeskoczyła w czasie, by wspomóc walkę i pilotuje ALFA-X!