Pocket Monsters: Mewtwo! Ware wa Koko ni Ari

W odległych rejonach Johto, Giovanni, lider Team Rocket, odnajduje Mewtwo. Podczas próby ponownego schwytania potężnego Pokemona, Ash i jego przyjaciele zostają porwani przez Domino, nową członkinię Team Rocket, w trakcie próby ratowania Pikachu przed Jessie i Jamesem. Klonowane Pokemony również padają ofiarą, stając się przynętą dla Mewtwo. Sytuacja eskaluje do starcia woli pomiędzy Mewtwo a Giovannim, a jednocześnie Mewtwo poszukuje odpowiedzi na pytanie o sens istnienia – zarówno swojego, jak i klonów, stworzonych przecież przez naukę. Czy stworzone przez człowieka istoty mogą posiadać własny cel?