Shin Taketori Monogatari: 1000-nen Joou

Rok 1999. Amamori Hajime to zwykły uczeń szkoły podstawowej, pogrążony w nauce i spędzający czas z ekscentrycznymi przyjaciółmi. Pewnego dnia, podczas testów urządzenia skonstruowanego przez jego ojca, dochodzi do eksplozji, niszczącej dom. Osierocony Hajime trafia pod opiekę wuja, astronoma. W obserwatorium wuja spotyka dziewczynę, którą wcześniej widział i do której żywi pewne uczucia. Dowiaduje się, że nazywa się Yukino Yayoi i pomaga rodzicom w prowadzeniu lokalnej ramenowni. Co więcej, jest asystentką wuja! Jakie szczęście!

Jednak Yayoi skrywa pewną tajemnicę. Jej pomoc dla Amamoriego ma głębszy powód. Jest Millenijną Królową (Sen-Nen Joou), wybraną przez jej rodzinną planetę, LaMetal, aby przygotować Ziemię na potencjalną anihilację. Co spowoduje tę katastrofę? LaMetal ma niezwykle eliptyczną orbitę, która co 1000 lat zbliża ją bardzo blisko Ziemi. Kiedy planeta zbliży się wystarczająco, Ziemia reaguje, wywołując szereg katastrof naturalnych. Choć została wybrana z myślą o ochronie LaMetal, jej osobistym planem jest ewakuacja jak największej liczby ludzi na LaMetal, aby zapewnić im przetrwanie w przypadku zniszczenia ich planety.

Jednak jest ktoś, kto usiłuje udaremnić jej plan – przywódca Millenijnych Złodziei. Dlaczego chce powstrzymać Yayoi? I skąd zna Millenijną Królową?